El 25 de noviembre de 2004, se desmoviliza de forma colectiva el Bloque Bananero, nombre que se utilizó en ese momento para unir al Frente Turbo, comandado por Hebert Veloza, y el Frente Árlex Hurtado, comandado por Raúl Hasbún. El Gobierno define la finca "La Macarena", en el corregimiento El Dos del municipio de Turbo, como sitio para esta desmovilización. Junto a Hebert Veloza García, comandante del Frente Turbo del Bloque Bananero, se desmovilizan 447 personas.
El 2 de febrero de 2006, Hebert Veloza García manifiesta ante el Alto Comisionado para la Paz su voluntad de someterse a la Ley 975 de 2005, y se compromete a cumplir los requisitos previstos en ella.
En agosto de 2006, después de estar activo en los "diálogos de Ralito", entre el Gobierno y los comandantes paramilitares, Hebert Veloza regresa a la clandestinidad. Había sido acusado por la Fiscalía de ser uno de los presuntos asesinos de Carlos Castaño, ex jefe máximo de las Autodefensas Unidas de Colombia (AUC). Ese mismo mes, los jefes de las AUC son recluidos en un centro vacacional en La Ceja, Antioquia.
El 15 de agosto de 2006, la Fiscalía General de la Nación llama a Hebert Veloza a presentarse ante las autoridades para iniciar el proceso penal de Justicia y Paz. El postulado no se presenta.
El 3 de abril de 2007, Hebert Veloza es detenido por las autoridades en la finca "Arroyo de Mulato", en la vía que va de Bolombolo a Tarso, municipios de Antioquia, y llevado preso a la cárcel de Itaguí. El gobierno anuncia que sería excluido de la lista de postulados a la ley de Justicia y Paz por no presentarse voluntariamente ante las autoridades.
El 9 de julio de 2007, la Embajada de Estados Unidos en Colombia solicita la detención provisional de Hebert Veloza con fines de extradición por el delito de narcotráfico.
A partir del 29 de octubre de 2007 se realizan 47 sesiones de versión libre que concluyen el 27 de febrero de 2009. En las diferentes audiencias, Hebert Veloza confiesa 347 hechos como comandante del Frente Turbo y 488, como comandante del bloque Calima.
El 31 de julio de 2008, la Corte Suprema de Justicia emite concepto favorable condicionado para la extradición de Hebert Veloza a los Estados Unidos. Atendiendo las observaciones de la Corte Suprema de Justicia, el Gobierno aplaza durante seis meses la extradición, y el postulado continúa rindiendo versión libre ante la Fiscalía en el proceso de Justicia y Paz.
Entre el 27 de octubre y el 19 de noviembre de 2008 se lleva a cabo la primera audiencia de formulación de imputación parcial por parte de la Fiscalía 17 de Justicia y Paz ante el magistrado de Control de Garantías del Tribunal Superior de Medellín. Se le imputan 88 hechos y se le dicta medida de aseguramiento por los delitos de concierto para delinquir agravado; fabricación, tráfico y porte de armas y municiones de uso privativo de las Fuerzas Armadas; utilización ilegal de uniformes e insignias; reclutamiento ilícito; desaparición forzada; homicidios agravados, entre otros.
El 5 de marzo de 2009, el gobierno nacional extradita a Hebert Veloza, y es recluido en el Metropolitan Correctional Center de la ciudad de Nueva York, Estados Unidos.
El 3 de mayo de 2010, el proceso contra Hebert Veloza continúa en Justicia y Paz mediante comunicación establecida por teleconferencia desde su prisión en Estados Unidos. Entre el 3 de mayo y el 24 de agosto de 2010 se realiza la audiencia de formulación de cargos ante el magistrado de control de garantías de Medellín.
La Fiscalía 17 de Justicia y Paz solicita la legalización de los cargos presentados en contra del postulado. El magistrado de Control de Garantías del Tribunal Superior de Medellín encuentra que se han cumplido los requisitos para el control formal de los cargos.
A partir del 11 de agosto de 2011, la Fiscalía presenta los cargos ante la Sala de Conocimiento del Tribunal Superior de Bogotá. En esta audiencia se expone el análisis de contexto de Urabá en la época en que ocurrieron los hechos, así como la génesis y consolidación del Frente Turbo comandado por Veloza. También se evalúan los requisitos de elegibilidad del postulado al proceso de Justicia y Paz. La audiencia finaliza cuando la Sala de conocimiento de Justicia y Paz del Tribunal Superior de Bogotá profiere la decisión de legalización de cargos contra Hebert Veloza García. El Tribunal anuncia que limita su decisión a los hechos cometidos por el postulado en la región de Urabá y posterga la legalización de los cargos correspondientes al Bloque Calima, con el fin de analizar de manera separada su formación, consolidación, forma de operación y patrones de conducta criminal.
Un año después de realizado el control de legalidad por los hechos imputados, se abren nuevas versiones libres para conocer otros hechos imputables a Hebert Veloza. Así, a mediados de agosto de 2012 se reanudan las versiones libres del ex jefe paramilitar mediante videoconferencia desde su prisión en Estados Unidos.
El 11 de marzo de 2013, la Sala de conocimiento de Justicia y Paz del Tribunal Superior de Bogotá da comienzo, en Bogotá, al incidente de identificación de afectaciones con la lectura de los nombres de las víctimas reconocidas en el caso. Los días 13 y 14 del mismo mes el Tribunal y los intervinientes se trasladan al municipio de Apartadó, Antioquia, donde continúan la audiencia con la presencia de aproximadamente 200 víctimas, quienes presentan sus reclamos ante los magistrados y el postulado. Veloza responde sus preguntas en teleconferencia desde Estados Unidos. La Unidad de víctimas se hace presente para informar sobre la reparación administrativa. La audiencia continúa en Bogotá el 18 de marzo y termina el 26 de abril del presente año.
La Sala de Justicia y Paz del Tribunal Superior de Bogotá condenó a Veloza García a 40 años de prisión y una multa de 17.950 salarios mínimos (aproximadamente 5.2 millones de dólares). Por estar postulado en el proceso de Justicia y Paz, Veloza recibe el beneficio de una pena alternativa, que el Tribunal estableció en siete años. Fue condenado por concierto para delinquir, homicidio en persona protegida, reclutamiento ilícito de menores, secuestro simple, desaparición forzada, tortura y hurto, entre otros delitos.