Originario de Lomas de Zamora en Argentina, Méndez ha dedicado su carrera legal a la defensa de los derechos humanos, ganando prestigio y reconocimiento como abogado en todas las Américas. Por sus esfuerzos en representación de presos del Estado, la dictadura militar de Argentina lo arrestó durante cuatro años, sometiéndolo a torturas y a detención administrativa. Durante este periodo Amnistía Internacional lo adoptó como “Prisionero de Conciencia”. Méndez inmigró a los Estados Unidos después de su liberación.

Durante 15 años trabajó para Human Rights Watch, dedicando sus esfuerzos de derechos humanos en el hemisferio oeste. En 1994, se posicionó como consejero general de Human Rights Watch, adquiriendo responsabilidades a nivel mundial en pro de la misión de la organización, como casos institucionales de litigación y actividades para establecer estándares de funcionamiento interno.
De 1996 a 1999, Méndez ejerció como director ejecutivo de Instituto Interamericano de los Derechos Humanos de Costa Rica, y entre octubre de 1999 y mayo de 2004 fue Profesor del Center for Civil and Human Rights at the University of Notre Dame, Indiana. Del 2000 al 2003 fue miembro de la Comisión Interamericana de Derechos Humanos de la Organización de los Estados Americanos y sirvió como su Presidente en 2002. En julio de 2004, Méndez fue elegido relator especial para la Naciones Unidas en la prevención del genocidio, posición que ejerció complementariamente a su presidencia del ICTJ. Continuó como relator especial hasta marzo 31 de 2007.
Méndez forma parte de las juntas directivas del Centro para la Justicia Transicional, de Global Rights y de Open Society. Es parte del comité asesor para Social Science Research Council's Conflict Prevention and Peace Forum, y el consejo asesor de American Bar Association Center for Human Rights. Fue catedrático de derecho internacional de los derechos humanos en la Facultad de Derecho de la Universidad de Georgetown y del programa avanzado sobre estudios internacionales de la Universidad de Johns Hopkins y enseña frecuentemente para la Maestría en derecho internacional de los derechos humanos en Oxford, Reino Unido. Como recipiente de numerosos premios en reconocimiento de su labor en derechos humanos, sus más recientes galardones son el Monsignor Oscar A. Romero Award for Leadership in Service to Human Rights, otorgado por primera vez y presentado en la Universidad de Dayton en abril de 2000; y el Jeanne and Joseph Sullivan Award of the Heartland Alliance en mayo de 2003. Méndez es miembro de la barra de Mar de Plata en Buenos Aires, Argentina, y del Distrito de Columbia, Estados Unidos. Tiene un JD de la Universidad de Stella Maris y un certificado de la Universidad Americana del Washington College of Law.